In het kader van de evaluatie van deze onderzoekscentra worden de door ECOOM ontwikkelde standaardmethoden toegepast. De studies bevatten ook een internationale benchmarking met een aantal referentie-instellingen, die in overleg met de betrokken onderzoekscentra en de overheid bepaald werden.
In focus staan de “Strategische Onderzoekscentra” (SOC’s). Dit zijn toponderzoekscentra in Vlaanderen met excellentie van onderzoek in de wetenschapsdomeinen van micro- en nano-elektronica, biotechnologie en breedbandtechnologie, die een belangrijke rol spelen in het strategisch basisonderzoek en het innovatiegebeuren in Vlaanderen.
Naast de SOC’s voert ECOOM ook bibliometrische en technometrische studies voor verdere onderzoekscentra uit, onder meer voor het Vlaams Instituut voor de Zee (VLIZ), Koninklijke Maatschappij voor Dierkunde Antwerpen (KMDA), Het Instituut voor Tropische Geneeskunde (ITG) en Antwerp Management School (AMS).